Основными задачами отдела являются:
- Обеспечение организации бухгалтерского учёта в соответствии с законодательством;
- Осуществление контроля за своевременным и правильным оформлением документов и законностью совершаемых операций;
- Расходование средств в соответствии с лимитами бюджетных обязательств и их целевым назначением, а также за сохранностью материальных ценностей;
- Составление и предоставление в установленные сроки бухгалтерской отчётности;
- Осуществление мероприятий по повышению квалификации бухгалтерских работников учреждений здравоохранения;
- Подготовка совместно с другими службами материалов для рассмотрения на коллегии итогов финансово-хозяйственной деятельности и других вопросов, входящих в компетенцию бухгалтерской службы;
- Осуществление совместно с другими службами анализа финансово-хозяйственной деятельности подведомственных учреждений;
- Обеспечение защиты персональных данных государственных гражданских служащих в соответствии с утверждённым Положением о персональных данных государственных гражданских служащих;
- Осуществление внутреннего финансового контроля в ходе реализации бюджетных процедур.